• Kontrola może być prowadzona z urzędu lub  na podstawie wniosku innego podmiotu (np. Urząd Gminy, Urząd Miasta, PIP, NIK).
• Kontroli poddawane są podmioty należące do sfery publicznej i prywatnej.
• Kontrola przetwarzania danych osobowych obejmuje zarówno administratorów danych podlegających obowiązkowi zgłoszenia zbioru do rejestracji, jak też administratorów danych, którzy z mocy ustawy są z obowiązku rejestracji zwolnieni.

Podczas kontroli przestrzegania przepisów Ustawy badane są głównie następujące kwestie:

• przesłanki legalności przetwarzania danych osobowych,
• przesłanki legalności przetwarzania danych szczególnie chronionych,
• zakres i cel przetwarzania danych,
• merytoryczna poprawność danych i ich adekwatność do celu przetwarzania,
• obowiązki informacyjne ADO,
• zasadność zgłaszania zbioru do rejestracji,
• sposób zabezpieczania danych.

Podczas kontroli ustala się, czy:

• wszystkie osoby biorące udział w procesie przetwarzania danych, tj. uczestniczące w jakichkolwiek operacjach wykonywanych na danych osobowych, takich jak: zbieranie, utrwalanie, przechowywanie, opracowywanie, zmienianie, udostępnianie, usuwanie, posiadają upoważnienie nadane przez administratora danych,
• kontrolowany podmiot prowadzi ewidencję osób upoważnionych do przetwarzania danych,
• osoby upoważnione do przetwarzania danych zachowują poufność danych,
• administrator danych wyznaczył administratora bezpieczeństwa informacji,
• administrator danych zapewnił kontrolę nad tym, jakie dane osobowe, kiedy i przez kogo zostały do zbioru wprowadzone oraz komu są przekazywane,
• urządzenia i systemy informatyczne spełniają wymogi bezpieczeństwa.

Uprawnienia pokontrolne Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych w przypadku stwierdzenia naruszenia przepisów Ustawy 

• Wszczęcie postępowania administracyjnego i wydanie decyzji:
  • nakazujące przywrócenie stanu zgodnego z prawem,
  • umarzające postępowanie jako bezprzedmiotowe, jeżeli postępowanie administracyjne zostało wszczęte w wyniku stwierdzonych w toku kontroli uchybień, a w trakcie postępowania kontrolowany podmiot je usunął i przywrócił stan zgodny z prawem;